Die Wälder des Kerngebietes der Bergbaufolgelandschaft bestanden zum Großteil aus Kiefermonokulturen.
Seit 2006 werden sie schrittweise in Mischwälder umgebaut. Inzwischen sind etwa 150 ha strukturierte Mischforst und Mischwälder entstanden.
Ziel des Waldumbaus im Naturschutzgroßprojekt soll es zum einen sein trockene Standorte mit Kiefern-Birken-Eichenwäldern, sowie Beerstrauch-Kiefernwälder mit Zwergsträuchern, Wintergrün, Bärlapparten und Bärentrauben entstehen zu lassen.
In diesen lausitztypischen Wäldern sollen Lebensräume unter anderem für verschiedene Vogelarten wie der Waldschnepfe, der Nachtschwalbe, der Heidelerche und dem Baumfalken geschaffen werden.
Um die Maßnahmen für den Waldumbau auf den Eigentumsflächen der Lausitzer Seenland gGmbH effektiv durchzuführen, werden zunächst möglichst zusammenhängende Flächen gebildet.
Innerhalb der Gebiete werden dann verschiedene Bereiche ausgewählt. Dabei spielen Gesichtspunkte wie die geeigneten Standortbedingungen für die Zielwälder, die Gesundheit und die Struktur des bestehenden Waldes eine wichtige Rolle.
In der weiteren Begleitung der Waldentwicklung werden die Wälder mit unterschiedlichen Maßnahmen gepflegt. Für eine vielfältige Entwicklung werden zudem die Waldränder durch gezielte Auflichtungen gestaltet. Wobei breite Säume für unterschiedliche Kräuter und Gräser sowie die Anlage von Stubben- oder Reisigwällen, welche Kleintiere gerne als Überwinterungsquartiere nutzen, nicht selten belassen werden.
Um die gegebenen Waldstrukturen aufzulösen, werden die Flächen mit Motorsägen aufgelichtet und dann mit den gewünschten Zielbäumen wie Trauben- und Stieleichen, Winterlinden oder Hainbuchen bepflanzt oder besäht.
Um den Jungbäumen eine möglichst ungestörte Entwicklungschance zu geben, werden diese Waldumbaubereiche anschließend zum Schutz vor Wildverbiss umzäunt.
Doch die gezielte Waldentwicklung wird nicht nur durch menschliches Eingreifen gefördert. Auch die Nutzung der Schadbereiche durch den Wurzelschwamm hilft bei der Auflichtung der Wälder. Ebenso wird die "unterstützte Hähersaat" der Eiche durch den Eichelhäher als gängige Methode des Waldumbaus im Naturschutzgroßprojekt genutzt. Die Hähersaat wird durch das Aufstellen von Holzkisten, die mit Eicheln befüllt sind, ermöglicht. Dabei vergräbt der Eichelhäher die Eicheln als Nahrungsdepot im Boden die er dann vergisst.